โรครากและหัวเน่าเป็นโรคที่มีความสำคัญมาก ทำให้ผลผลิตสูญเสียโดยตรง โดยเฉพาะในแหล่งที่ดินระบายน้ำได้ยาก ฝนตกชุกเกินไปหรือในพื้นที่ที่เคยปลูกกาแฟ ยาง หรือเป็นป่าไม้มาแล้ว
ในบางครั้งสามารถพบได้ในแหล่งที่ดินมีการชะล้างสูง โรคนี้สามารถเกิดได้ทั้งระยะต้นกล้า และระยะที่ลงหัวแล้ว โรครากและหัวเน่าเกิดจากเชื้อราสาเหตุหลายชนิด พบว่า สาเหตุของโรครากเน่ามีเชื้อรา 36 ชนิด บักเตรี 4 ชนิด และ Phytomonas 1 ชนิด ทำให้ยากแก่การวินิจฉัย สำหรับเชื้อราสาเหตุที่สำคัญ คือ เชื้อราในสกุล Fusarium spp. Diplodia spp. Phytophthora spp. โดยเฉพาะอย่างยิ่งP. drechsleri และ Pythium spp. ในประเทศไทย เท่าที่สำรวจพบมีอยู่ 3 ชนิด คือ
โรคหัวเน่าและ (Phytophthora Root Rot หรือ Wet Rot)
เชื้อสาเหตุ Phytophtora drechsleri เชื้อโรคนี้จะเกิดกับมันสำปะหลังทั้งในระยะกล้าและลง
หัวแล้ว มักจะพบในบริเวณที่ดินมีระบบระบายน้ำยาก และอยู่ใกล้กับทางน้ำหรือคลอง โรคนี้อาจความเสียหายถึง 80 เปอร์เซ็นต
ลักษณะอาการ ถ้าเกิดกับต้นยังเล็กอยู่จะทำให้รากเป็นรอยชําสีน้ำตาลและเน่ า ต้นจะเหี่ยวเฉา
ถ้าเกิดกับหัวจะทำให้หัวเน่าอย่างรวดเร็ว และมีกลิ่นเหม็น ใบเหี่ยวแล้วร่วง ถ้าเกิดรุนแรงต้นจะตายมีรายงานในอัฟริกาและอเมริกาใต้ว่า โรคนี้เกิดจากเชื้อรา Phytophthora ชนิดอื่น ๆ อีกคือ P.erythoseptica และ P. cryptogea
