ในระหว่างการเก็บเกี่ยว การขนส่ง การเก็บรักษา และการวางจําหน่ายข้าวโพดฝักอ่อน จะเกิดการสูญเสียน้ำมาก ทำให้ฝักเหี่ยวเป็นสีน้ำตาล น้ำหนักลดลง เมื่อเก็บไว้นานความหวานจะลดลง อาการฝักเน่าและบวมจะปรากฏมากขึ้น การปอกเปลือกข้าวโพดฝักอ่อนถ้าไม่มีความชํานาญจะทําให้ฝักอ่อนเกิดบาดแผลหรือ เกิดอาการช้ำได้

เมล็ดที่มีการฟักตัว คือ เมล็ดที่มีชีวิตแต่ไม่งอก แม้จะอยู่ในสภาพแวดล้อมที่เหมาะสม ระยะฟักตัวหาได้จากจำนวนวันหลังจากเก็บเกี่ยว ถึงวันที่เมล็ดงาน 80% โดบนับทั้งต้นอ่อนสมบูรณ์และไม่สมบูรณ์ ระยะฟักตัวของข้าวแตกต่างกันไปตามพันธุ์