การเลือกใช้พันธุ์ข้าวและการเตรียมเมล็ดพันธุ์ข้าวอินทรีย์ พันธุ์ข้าวที่ใช้ปลูกควรมีคุณสมบัติด้านการเจริญเติบโตเหมาะสมกับสภาพแวดล้อมในพื้นที่ปลูก และให้ผลผลิตดีแม้ในสภาพดินที่มีความอุดมสมบูรณ์ค่อนข้างต่ำ