น้ำเป็นปัจจัยสำคัญในการชักนำให้เกิดชนิดวัชพืชต่าง ๆ
ในนาข้าว เนื่องจากความชื้นในดินมีส่วนช่วยให้เมล็ดหรือส่วนขยายพันธุ์ของวัชพืชงอกได้ วัชพืชแต่ละชนิดต้องการความชื้นในการงอก ในระดับที่แตกต่างกันออกไป เช่น หญ้านกสีชมพู หนวดปลาดุก และกกทราย ต้องการความชื้นระดับดินหมาด (field capacity) ก็สามารถงอกได้ หญ้าไม้กวาด (ดอกขาว) สามารถงอกได้ตั้งแต่ความชื้นระดับดินหมาด ถึงระดับน้ำลึก 2 ซม. หญ้าข้าวนกงอกได้ดีที่ระดับความชื้นดินหมาด ถึงระดับ 1 ซม. แต่ระดับน้ำ 2-6 ซม.ยังงอกได้บ้าง สำหรับผักปอดนา และขาเขียด งอกได้บ้างในความชื้นระดับดินหมาด ถึงระดับน้ำ 1 ซม. แต่งอกได้ดีตั้งแต่ระดับน้ำ 1 – 6 ซม. ส่วนแห้วทรงกระเทียมโป่งและผักตับเต่างอกได้ดีในน้ำลึก 2 – 6
การจัดการน้ำ
จากการที่วัชพืชต้องการความชื้นในการงอกแตกต่างกัน เราสามารถนำวิธีการจัดการน้ำมาใช้เพื่อลดปัญหาวัชพืช จะเห็นได้ว่ามีวัชพืชน้อยชนิดที่งอกในน้ำได้ ดังนั้นการทำนาดำ ซึ่งมีน้ำขังตั้งแต่เริ่มปักดำ จึงไม่ค่อยมีปัญหาเรื่องวัชพืช สำหรับนาหว่านน้ำตม ลดปัญหาหญ้าข้าวนกได้โดยปล่อยให้น้ำแห้งหลังหว่านข้าวจนดินแตกระแหงแล้วจึงปล่อยน้ำเข้านา แต่หญ้าไม้กวาดอาจจะมาแทนที่เพราะชอบงอกในสภาพเช่นนี้ วัชพืชประเภทหญ้าและกกส่วนใหญ่ไม่สามารถงอกในสภาพน้ำขัง ดังนั้นถ้าเอาน้ำเข้านาได้เร็ว คือ 7 วันหลังหว่านข้าว จะสามารถควบคุมวัชพืชได้ดี ถ้าเอาน้ำเข้าช้าเกินไปวัชพืชมีโอกาสงอกขึ้นมาได้ เมื่องอกได้แล้วสามารถเจริญเติบโตในสภาพน้ำขังต่อไปได้